sono gli episodi che vanno dal numero 491 al numero 504 (secondo la numerazione giapponese, per la numerazione italiana partono dal numero 539 al numero 552) sono gli episodi in cui si scopre che Rena Mizunashi, ricoverata in ospedale sotto falso nome, è un membro della CIA, ma non solo, anche sorella di Eisuke, in realtà lei si era infiltrata nell'organizzazione degli Uomini in Nero, nel frattempo si assiste ad un'operazione in grande stile studiata di concerto tra FBI e Conan, questo per intralciare i piani i piani degli uomini in nero, sulle tracce di Rena. In realtà gli uomini in nero daranno filo da torcere ai nostri dell'FBI più volte nel corso degli episodi. Il tutto finisce con Rena che ammazza Shuichi Akai. La trama è lunga. Rena si sveglia dal coma che l'ha portata in ospedale ma preferisce fingere di essere ancora in come, gli uomini in nero spediscono bombe a orologeria a pazienti dell'ospedale, si scopre che il padre di Rena ed Eisuke era anche lui nella CIA e che è stata proprio Rena ad ucciderlo...
L'ho scritto volontariamente in maniera contorta, così ti cerchi gli episodi e li guardi che rende di più.
Se vuoi dello spoiler c'è la pagina di wikipedia dedicata alla tredicesima stagione del nostro conny: